Les préparations pour nourrissons (PPNs), seul substitut adéquat du lait humain, sont des matrices complexes qui nécessitent de nombreux ingrédients et étapes de transformation. Précédemment, nous avons montré que la qualité des ingrédients protéiques laitiers des PPNs modulaient leur microstructure, leurs cinétiques digestives in vitro et in vivo. L'objectif était donc d’évaluer l'impact de la qualité des protéines laitières sur la physiologie intestinale et le microbiote. Trois PPNs contenant des protéines du lactosérum avec différents niveaux de dénaturation (PPNs-A/-B) ou des caséines d’organisation différentes (PPNs-B/-C) ont été fabriquées. Vingt-quatre mini-porcelets Yucatan, ont reçu l'une des trois PPNs entre 2 et 21 jours d’âge. Les contenus et tissus digestifs ont été analysés via des approches métagénomique, histologique, de perméabilité ex vivo et d’expression génique. Des analyses statistiques univariée et multivariée ont été réalisées. La perméabilité paracellulaire colique était augmentée et un léger boost immunitaire était observé pour les porcelets nourris avec la PPN-C par rapport à la PPN-A, en faveur de la PPN-C, comparativement aux données d’une étude récente sur le lait humain chez le porcelet (Charton et al., 2022). L’expression colique de certains transporteurs d'acides aminés était diminuée chez les porcelets nourris avec la PPN-C par rapport à la PPN-A. La composition du microbiote était similaire selon les régimes et seule la composition fécale en acides gras libres différait selon l’origine du lactosérum dans les PPNs. L’utilisation de lactosérum idéal et la modulation de l’organisation des caséines semblent se présenter comme des pistes d’améliorations pour les PPNs.